Он критикует идею предсуществования душ, понимание телесности как наказания за предшествующий грех души и отрицание телесного воскресения.
Его полемика с Оригеном тем более интересна, что св. Мефодий сам пользовался тем же богословским методом, что и Ориген – он был аллегористом в экзегетике и мистиком в богословии. В отличие от гностиков, св. Мефодий допускает аллегорический метод толкования Писания лишь в том случае, если аллегория не насилует ключевых мыслей Писания. Аллегоризм гностиков стремился как можно больше отдалить их собственное понимание Писания от понимания его теми, кого гностики считали «непосвященными». Аллегоризм св. Мефодия, напротив, помогает ему донести до его слушателей смысл самых трудных мест Слова Божия.
Вот как св. Мефодий, например, использует аллегорический метод для полемики с самими же гностиками: Излюбленное прикрытие для «эзотеризма» – это слова Христа «не мечите жемчуг перед свиньями». Под «свиньями» «посвященные» склонны понимать всех тех, кто стоит вне их кружка, под «жемчугом» – свои собственные интерпретации Писания. У св. Мефодия эти слова Христа обретают такое значение: «Под жемчугом не следует здесь разуметь таинственное учение, а под свиньями – нечестивых, и изречение не бросайте жемчуга вашего перед свиньями не нужно объяснять так, что не сообщайте нечестивым и неверным таинственных и совершеннейших истин веры Христовой». Ведь если бы слова Христа имели именно такой смысл – то Евангелие вообще нельзя было бы проповедовать! «Но под жемчугом нужно разуметь добродетели, которыми украшается душа; не должно повергать их свиньям, то есть не должно жертвовать добродетелями сладострастным удовольствиям, чтобы они, истребивши добродетели, не вовлекли душу в жизнь свинскую и исполненную страстей»1295.
Все в Писании, по восприятию св. Мефодия, говорит о Христе и о таинстве нашего спасения. Заходит, например, речь о пророке Ионе, три дня проведшем во чреве китовом, и св. мученик Мефодий размышляет: «Великую тайну заключает в себе история Ионы. Под китом кажется разумеется время, как никогда не останавливающееся, но всегда текущее и поглащающее рождающиеся вещества в более или менее продолжительные промежутки времени… Свержение Ионы с корабля в море означает ниспадение от жизни в смерть первозданного. Поглощение китом означает наше неизбежное разрушение, происходящее во времени; ибо чрево, в котором скрылся поглощенный Иона, есть всепоглощающая земля, принимающая все, истребляемое